Villa San Giovanni in Tuscia è ubicata in un'area di grande interesse archeologico, a poca distanza dalle necropoli rupestri di Grotta Porcina, Valle Cappellana, Blera e Barbarano Romano, in una campagna di rara suggestione immersa in ancestrali silenzi.

Il nome di San Giovanni venne dato al paese nel 1550 da un certo Giovanni Anguillara di Ceri, che favorì l'arrivo sul posto di una ventina di coloni, provenienti da più parti d'Italia, per popolare la zona e per organizzare la coltivazione delle terre.

La parrocchiale di San Giovanni Battista (patrono del paese insieme ad Albano e Benedetta) venne costruita agli inizi del Settecento, con la partecipazione attiva degli abitanti, sulle rovine di una precedente chiesa. L'interno, a una navata di stile tardo barocco, custodisce una pala di autore locale del XIX secolo (tale Francesco Guerrini), raffigurante la Nascita di San Giovanni Battista e un dipinto dell'abitato ripreso intorno al 1865.

Il paese ha dato i natali a Simone Medichini (1831-1916), cultore di scienze naturali nonché membro dell'Accademia dei Nuovi Lincei.

Nei dintorni, in località Valle Cappellana, è visibile un tumulo di grandiose dimensioni (VII-VI secolo a.C.) sul quale si aprono due tombe riferite ad alcuni insediamenti agricoli del posto. La principale è formata da due camere, separate da una coppia di colonne doriche scolpite nel tufo, con tre letti funerari. La seconda tomba, più semplice dell'altra, presenta in una delle due celle una sedia ricavata dalla roccia con il relativo sgabello portapiedi. All'esterno del tumulo è stata rinvenuta una statua di peperino raffigurante un leone disteso, oggi custodita nel piccolo museo di Barbarano Romano.

Al termine dei lavori di ripristino, il complesso funerario ha restituito un corredo composto da una serie di aryballoi del corinzio arcaico, alcune fibule d'oro, kylikes di bucchero e calici.